Сюжет The Second Encounter HD стартует там, где закончился первый эпизод игры. Крутой Сэм на летающей тарелке сирианцев отправляется на поиски Ментала, однако далеко улететь ему не удаётся — летающая тарелка терпит крушение в джунглях Центральной Америки. Теперь Сэму предстоит совершить путешествие во времени, побывать в городе майя Теотиуакане, древнем Вавилоне и средневековой Европе, чтобы в конце концов раздобыть священный Грааль, который поможет ему в нелёгкой борьбе с силами зла.

Отличия от SD версии
Новые модели для Снайперской винтовки и Огнемёта: видно, что Сэм держит оружие двумя руками.
Анимации для Снайперской винтовки, которых раньше не было.
В начале первого уровня игрок стартует не падая с тарелки, а прямо в озере: вероятно, это связанно с багом оригинала, когда игрок мог застрять.
Врагов можно резать на две половины с помощью бензопилы.
Поддержка современных геймпадов.
Добавлены новые секреты: например, на первом уровне теперь можно получить автомат Томпсона, спилив определенное дерево.

Игровой процесс

В отличие от оригинала, добавлены новые режимы игры. Теперь список всех доступных режимов игры выглядит так:
Одиночная игра
Кампания — классическое прохождение игры в одиночку.
Выживание — необходимо как можно дольше остаться в живых, сражаясь против прибывающих врагов. Бои проходят на специальных картах.

Многопользовательская игра
Совместная игра
Классический совместный режим — прохождение «Кампании» совместно с другими игроками.
Сбор — совместная «Кампания» на счет. Основное отличие от «Классического совместного режима» в том, что у игроков есть 3 общих жизни на один уровень (количество жизней растет при увеличении счета).
Выживание — игроки плечом к плечу сражаются с прибывающими врагами на специальных картах.
Противоборство
Охота — убивайте врагов, собирайте предметы и ищите секреты, чтобы набрать больше очков, чем другие игроки.
Захват флага — захватите флаг другой команды и принесите его на свою базу, охраняя тем временем собственный флаг.
Смертный бой — классический детматч.
Мгновенное убийство — отличие от «Смертного боя» в том, что смерть наступает с одного выстрела.
Последний герой — убейте всех остальных игроков, чтобы победить в раунде.
Последняя команда — командный вариант «Последнего героя».
Тяжкая ноша — Ваш счет растет, пока вы удерживаете ношу.
Командная охота — командный вариант «Охоты».
Командный бой — командный детматч.