В недалеком будущем учёным удается создать Альфа-костюм, предназначенный для путешествий во времени. Эйден Крон — главный злодей игры, отправляется в прошлое и изменяет его. Создав альтернативную вселенную, он становится там абсолютным правителем. Главный герой, (изначально-полковник Майкл Свифт, но в финальной версии игры герой анонимен, и игрок не слышит его голоса) получает в свое распоряжение Бета-костюм (аналог Альфа-костюма, но предназначенный для военных целей) и отправляется в прошлое с целью остановить разрушительные действия Крона. Но из-за того, что Бета-костюм не был полностью закончен, и лаборатория взорвалась, точный прыжок во времени был невозможен. Герой попал в прошлое с опозданием во много лет, по сравнению с Кроном. Теперь герою придется пробиваться к Крону силой .

Игра начинается с ролика, в котором репортер на фоне разрушеного здания лаборатории объясняет, что городские проблемы в электроснабжении были из-за взрыва, после которого никто не уцелел. Среди автомобилей на сцене происшествия видна машина министерства обороны. Затем время визуально перематывается назад, и здание собирается из обломков назад воедино. Далее по ролику становится ясно, что доктор Эйден Крон заложил бомбу в здании, украл Альфа-костюм и переместился во времени до взрыва. Параллельно, герой, зная, что Крон надел Альфа-костюм, после поднятия тревоги надевает Бета-костюм, в надежде что он поможет ему победить Крона и спасти ситуацию. После взрыва, за долю секунды до того как огонь настигнет игрока, встроеный в костюм компьютер для спасения героя перемещает его во времени. После вступительного ролика герой материализуется в 1939, в неизвестной стране (скорее всего где-то в Европе), которой диктаторски правит доктор Крон. После первичных наблюдений становится очевидно, что Крон захватил власть и удерживает её при помощи технологий будущего. Но сами технологии претерпели временное изменение — смесь ультратехнологичности с механическим обликом, тем самым 1939-й выглядит порой странно. Сам Крон, как указывает встроеный в костюм героя компьютер, находится в гигантском четырёхногом шагающем аппарате, тяжело бронированом и вооружённом энергетическими тесла-пушками, который перешагивает целые дома и уничтожает любые очаги сопротивления. Помимо этого аппарата устрашения, режим Крона, или как он называется в игре, Магистрат, пользуется роботами-ходунами (мехами), причудливо выглядящими вертолетами (в английской версии игры они называются «Helo», в русской — «Вертушка»), летающими роботами-минами, которые в состоянии ожидания подвешены на воздушных шарах, реактивными истребителями с обратным крылом, дирижаблями с реактивными двигателями, реактивными планерами, пулеметными и ракетометными турелями, скорпионообразными танками. Также в армии Магистрата, помимо обычных, есть солдаты с ракетными ранцами, генноизмененные и хроно-солдаты.

Герой игры после прибытия в кроновское прошлое примыкает к бойцам сопротивления, в надежде с их помощью добраться до Крона. После краткого объяснения кнопок управления игры и представления командира Кука, который отныне будет давать герою задания через рацию, на позиции сопротивления нападают, и герой отчаяно отбивается от превосходящих сил противника. В тот момент когда, казалось бы, все потеряно, встроеный компьютер пытается произвести повторный, более точный прыжок в прошлое, но и он не успешен, так как устройство временного привода повреждено и выходит из строя во время прыжка. Герой перемещается всего на несколько дней назад, неподалеку от первичного места прыжка, и теперь ему придется отыскать Крона не только чтобы его наказать, но и чтобы заполучить его временной привод, который потом поможет ему вернуться в свое время. Герою удается вновь вступить в контакт с сопротивлением. Помогая сопротивлению, герой демонстрирует им свои возможности по контролю над временем, проникает в главную серверную комнату Магистрата и копирует всю информацию Магистрата, которая только есть в сети. Лидеры сопротивления удивлены возможностями героя, и многие члены сопротивления открыто заявляют что технологии мира 1939-его все вместе и близко не приближаются к одному лишь процессору Бета-костюма, и из-за этого они боятся героя. Теперь, имея все планы, карты и информацию Магистрата, сопротивление атакует различные секретные объекты Магистрата. Герой присутствует на одной из главных атак и единолично, с логистической помощью от Кука, освобождает плененных членов сопротивления, уничтожает фабрику по производству оружия, брони, танков, летательных аппаратов и хроно-солдат, перегружает центральный реактор и приводит к разрушению обширного горного комплекса Магистрата. После серий удачных атак сопротивления Магистрат сломлен, и оставшиеся силы отступают в «район Альфа». Чтобы побыстрее попасть в район Альфа, герой вместе с членами сопротивления угоняют дирижабль. По дороге в район Альфа у дирижабля кончается горючее, и герой вместе с членами экипажа докуются с ещё одной горной базой Магистрата, крадут горючее, после чего успешно прилетают в район Альфа.

Между уровнями игры и иногда посреди уровня компьютер костюма стимулирует нервную сеть героя, после чего тот видит воспоминания. Через эти воспоминания становится ясно, что герой был заслан в группу разработки костюмов (скорее всего министерством обороны), чтобы наблюдать за проектом и, в частности, Кроном. Герой уговаривает личную помощницу Крона сообщать ему обо всем, он так же вступает с ней в сексуальный контакт и, скорее всего, имеет личный мотив против Крона, так как он убил эту женщину бомбой в лаборатории. Так же становится ясно, что Крон уже совершал прыжок во времени по собственному желанию в Альфа-костюме и скрывал это ото всех, что он врал агентству заказавшему проект путешествия во времени, но о его прыжке и лжи узнали и начали подозревать в плохих намерениях, поэтому и послали героя наблюдать за проектом. Герою стало известно, что Крон замышлял о путешествии в прошлое и его изменению, что Крон пытался подготовить более совершенный Бета-костюм для себя путём удаления ограничителей путешествия во времени, ограничителей парадоксов и т. д., после чего герой принял решение что как только Крон попытается сделать прыжок, герой его убъет. Но Крону стало известно о истинной натуре героя и он принял решение совершить прыжок на устарелом, но неограниченном Альфа-костюме, предварительно помешав герою преследовать его путём заложения бомбы и саботажем Бета-костюма.

Район Альфа, который показан в игре, это тот же район в котором герой воевал в начале игры. Силы сопротивления в наступлении и Магистрат несет тяжелые потери. Большинство техники Магистрата уничтожено, но гигантский четырёхконечностный аппарат Крона все ещё работает и убивает, хоть и подвергается постоянным ракетным атакам. Пока сопротивление отвлекает Магистрат, герой пробирается на крышу одного из домов в районе и с него уничтожает верхние орудия аппарата. Во время боя Крон по громкоговорителю объявляет, что он знает, что герой есть человек из будущего, тот самый человек, который ему помешал и заставил совершить его (Крона) все те действия. В конце концов, герой и члены сопротивления справляются с последней пушкой аппарата Крона и уничтожают сам аппарат. Раненый, Крон выползает из обломков, но герой преграждает ему путь и стреляет в упор в голову из пистолета, после чего он берет с его Альфа-костюма двигатель обратного переноса, прощается с благодарным Куком и совершает прыжок в будущее. Прибыв в свое время герой успевает обезвредить бомбу, но тем самым создает парадокс (если не будет взрыва, то герой не совершит прыжок в прошлое и не совершит прыжок в будущее и не обезвредит бомбу), о чём ему сообщает ИИ костюма, после чего компьютер перемещает героя во времени. На этом игра заканчивается.